CakePHP2.6.0からModel::save()時にデフォルトでBEGIN〜COMMITのトランザクション処理が入るようになっていた
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リリースノート
CakePHP 2.6.0 Released :: The Bakery: Everything CakePHP
Model::save() had the atomic option back-ported from 3.0.
該当コミット
add 'atomic' option to "save()" API · 31615ce · cakephp/cakephp · GitHub
解除方法
<?php $this->Model->save($data, ['atomic' => false']);